《暖暖日本免费在线》中玩家通过走格子翻牌的方式行动。不同颜色的怪物牌代表着不同的战斗难度和奖励程度。玩家需要在避免高难度战斗以减少伤亡与迎接挑战以获取更高等级道具之间做出选择。这种基本抉择贯穿游戏的始终。
每局游戏的目标都是穿过四层地图，击败Boss，将其“拍扁”为纪念画。游戏提供了多个不同的地图，包括森林、马戏团、火山、枫林、沙漠、游戏公司、虫巢、网吧和地牢等，每个地图都有其独特的特性。玩家可以根据情况选择下一层进入哪个场景。
《暖暖日本免费在线》每个地图都有自己的“禁忌”和“崇尚”，即地图特性。例如，在森林地图上，攻击树木会损失攻击者20%的最大生命值，这对于没有远程单位的玩家来说可能会造成困扰。
有些特性则非常有趣，比如在马戏团地图上，每回合结束后所有单位都会换位子，或者在网吧地图上，“老爸”会定期前来巡视，带走网吧里最强大的敌人，也就是小孩。在每一层地图中，都会有少数的补给点，提供血量恢复、火把补充、祝福等，如果规划得当，火把的数量足以支撑玩家见到最终Boss。
